初學者可以從不同的渠道獲得共聚焦成像的知識,LSCM附帶的操作手冊包括一些基本的儀器使用方法。但負責操作儀器的人一般應進行短期的定向培訓,對于多用戶使用的電子生物顯微鏡儀器,在獨立操作前,管理人員應對其進行短期培訓并確保能勝任相應的圖像采集工作。初學者尤其要注意相應的操作規程。其他有用的信息來源包括共聚焦顯微鏡公司的培訓課程,光學顯微鏡的專題研討會及出版物等。
進行圖像采集前,先要熟悉電子生物顯微鏡儀器的基本操作。對于初學者,建議使用容易標記的標本進行圖像采集,而不使用難以標記或結果不確定的標本。一些好的測試樣品如吸收了一種或多種熒光染料的紙或制備好的熒光珠,它們都是較為明亮的,容易進行共聚焦成像的標本。一種尤其有用的標本是不同花粉混合的玻片,在多種不同波長的光線激發時,可產生自發熒光。這種玻片可以買到,如Carolina Biological,也可通過采集不同植物的花粉自行制備。往往這些標本都有某些特定的表面結構,并且在激光束的照射下保持良好。對于活體研究相當可靠的測試標本是洋蔥表皮或某些水生植物,可自發熒光或用DiOC6染色。
電子生物顯微鏡儀器在使用前都應進行校正,不同的儀器,其校正方法不同,一般應由負責儀器的管理人員進行,其他人員未經許可,不得嘗試進行校正,最好由儀器公司的技術人員完成。
對電子生物顯微鏡儀器不僅要進行定期的維護和保養,而且應注意一些光學顯微鏡使用的基本常識。所有的玻璃和鏡頭表面都應進行清潔,因為蓋玻片和物鏡上的灰塵和油脂常常是圖像質量不佳的主要原因。標本的封片也應注意,蓋玻片的厚度應在物鏡的工作距離以內。透鏡和標本之間的折光率應正確匹配,如某些特定NA的物鏡使用正確的鏡油,對于特定的物鏡使用適當厚度的蓋玻片,尤其在高倍物鏡時更應注意,蓋玻片應在載玻片有一定程度的密封,并保持平整。對于固定的標本可用指甲油,但在進行圖像采集前,應保持其干燥。對于活組織,可使用某些無毒性的密封劑,如凡士林,蜂蠟和羊毛脂效果都不錯。